시가 현은 북쪽으로 후쿠이현, 동쪽으로 기후현, 남동쪽으로 미에현, 서쪽으로 교토부와 접한다. 현은 네 개의 다른 지역인 고호쿠(호수의 북쪽), 고세이(호수의 서쪽), 고토(호수의 동쪽), 고난(호수의 남쪽)을 포함한다.
일본에서 가장 큰 호수인 비와 호는 시가 현의 중앙에 위치한다. 호수는 시가 현 총면적의 6분의 1을 차지한다. 현은 서쪽으로 히라 산지, 동쪽으로 이부키 산, 남동쪽으로 스즈카 산맥으로 둘러싸여 있다. 시가 현 북쪽은 남쪽에 비해 대체적으로 춥고 눈이 많이 온다.
요도가와 강이
비와 호에서 발원해 교토 시를 거쳐 오사카 만으로 흘러든다. 이것은 호수의 밖으로 흐르는 유일한 강이다.