여러 동물의 기관이나 형태, 또 조직의 구조·배치·상호 관계를 서로 비교하여 연구하는 학문. 넓은 의미로 본 해부학의 한 부문을 이룬다.

고대의 생물학이나 레오나르도 다 빈치의 업적에서 비롯되어 G. 퀴비에, E. 조프루아 생틸레르에 의하여 체계화되었다. 그 후 비교 발생학, 화석을 통하여 고생물의 구조·분포·계통· 진화 등 고생물을 연구 대상으로 하는 고생물학과 함께 진화론적인 생물학의 주요한 부문이 되었다.

비교 해부학 은 단순한 동물 체제의 비교뿐만 아니라 다음과 같은 또다른 의의를 지닌다.

① 동물의 분류를 확립하는 일로서 분류 학자는 의식에 관계없이 형태를 비교한다.

② 생물의 구조나 형태 따위를 연구하는 형태학의 이론화 및 계통화에서 형태와 구조가 이루어지려면 일정한 법칙이 성립한다. 이 법칙을 발견하려면 어느 한 종류의 동물만을 보아서는 충분하지 않으며, 비교 해부학적인 방법에 따라야 한다.

③ 동물 의 진화 과정을 밝힘에 있어서, 현재 살아 있는 동물은 진화의 정도가 낮아 몸의 구조나 기능이 간단한 하등 동물 에서 호흡기· 소화기· 순환기·생식기· 신경·배설기 등의 여러 기관이 분화되어 있는 진화의 정도가 높은 고등 동물까지 동물의 계통 발생 과정처럼 늘어놓을 수 있다는 사실이다.

④형태의 의미와 가치를 부여하는 일로서 같은 기관의 형태도 동물에 따라 각기 다르므로, 비교 해부학 에 의하여 의미가 분명하지 않은 기관에 가치를 부여하는 일이 가능하다. 이를테면, 사람의 맹장의 아래 끝에 붙어 있는 굽은 소돌기인 충수는 초식동물의 맹장을 보고 원래는 쓸모가 있는 것이었으나 현재는 퇴화하여 쓰이지 않는 흔적 기관이라는 것을 알 수가 있다.