연주암 3층 석탑은 고려중기 석탑 양식을 계승하여 조선 초기에 효령대군의 발원에 의해 5층석탑으로 제작되었다고 하나 확실하지 않다.

석탑은 대웅전 앞에 3.6m 높이의 3층석탑으로 주변에 석조 난간을 둘러 보전되고 있다. 4매의 판석으로 이루어진 기단부는 각 판석을 서로 맞물리도록 구성하여 우주처럼 표현하였다. 기단 아래에는 부연이 있고 지대석 상면에는 연화문을 새겼다. 2단으로 이루어진 상대갑석 위에는 3단의 층급 받침으로 1층의 탑신석을 받쳤다. 그 위에는 전체가 한돌로 구성된 1층탑신석이 놓여 있는데 양면에 우주를 모각하였다. 한돌로 이루어진 옥개석은 하면에 4단의 옥개받침을 조각하였고, 두터운 전각 끝단은 약간의 반정을 이루었다. 옥개석의 낙수면은 가파르게 처리되었다.

2층 탑신부터는 그 높이와 크기가 갑자기 줄어 들었고, 옥개석 받침도 3단으로만 조각되었고, 2층 탑신에 비해 옥개석 규모가 그다지 줄지 않아 불안정한 느낌을 준다. 2층과 3층의 탑신석에도 우주만을 간략하게 모각하고 있다. 3층 옥개석 위에 올려진 상륜부는 현재 로반, 영화, 보개만 남아 있다.

석탑은 지대석 위에 보이는 연판문이나 한돌로 구성되어 우주가 모각된 탑신석과 4단 내지 3단으로 구성된 옥개받침 등 고려시대 석탑 양식을 충실히 계승한 조선초기의 작품으로 추정된다.