아이유브 왕조는 1169년 삼촌 시르쿠와 함께 장기 왕조를 위해 이집트를 정복한 살라흐 앗 딘이 세웠는데 아이유브란 이름은 시르쿠의 형제이자 살라흐 앗 딘의 아버지인 나짐 앗딘 아이유브의 이름에서 기원한다.

삼촌 시르쿠가 죽은 후 살라흐 앗 딘은 재빨리 이집트를 장악하고 1169년 다미에타를 침공한 십자군을 몰아내는 데 성공하고 1171년 파티마 왕조의 마지막 칼리파 알아디드가 죽자 파티마 왕조를 폐위시켰다. 1174년 장기 왕조의 자신의 주군 누르 앗 딘이 죽은 후에는 시리아의 다마스쿠스를 복속하여 이슬람의 최대 강자가 되었다.

살라흐 앗 딘은 십자군과의 전쟁을 계속하여 예루살렘을 다시 이슬람의 영토로 회복하였고 이에 반발하여 침공한 제3차 십자군에 맞서 싸웠다.

살라흐 앗 딘의 치세에 아이유브 왕조는 이슬람을 하나의 기치 아래 통일하고 오랜 분열을 끝냈다. 그러나 1193년 살리흐 앗딘이 죽자 아이유브 왕조는 살리흐 앗 딘의 후계자들에 의해 각각 상속되었는데 이후 분열되고 그 힘이 점차 약해졌다.

살라흐 앗 딘의 사후에 친척과 가신들에게 영토가 분배되자, 통일 왕조로 유지되지 못하고 각자의 영지에서 자치적 성격의 분권화가 진행되었고 봉건적인 가문연합체로 왕조의 성격이 바뀌었다.

살라흐 앗 딘의 형제인 알아딜과 그의 아들 알카밀 시대에는 아이유브 왕조는 힘이 약해 잠시 예루살렘을 십자군에게 내주기도 하였다. 알카밀의 아들 살리흐가 죽은 이후 아이유브 왕조는 완전히 힘을 잃고 노예 출신의 맘루크 왕조로 대체된다.