1706년(조선 숙종 32년)에 지방의 유생들이 나라에 건의하여 세웠으며, 이듬해 현충사라는 사액이 내렸다.
그러나 일제의 주권 침탈 후에는 일제의 탄압으로 20여 년 간 제사를 지내지 못하다가 1932년에 동아 일보가 앞장 서서 전 국민으로부터 성금을 모아 이를 수리하고 장군의 영정을 다시 모시게 되었다.
광복 후 1962년에 유물 전시관이 세워지고, 1966년에 이르러 그 지역을 넓혀 성역화하는 공사가 시작되어 이듬해에 완공하였다.
유물 전시관에는 국보인 《
난중일기》와 편지 등 서적들과 장군 이 사용하던 칼 등 각종 무기가 보존되어 있고, 이순신 장군이 어려서부터 어른이 되기까지 살던 집이 옮겨져 있다.