아이유브 왕조 술탄 살리흐가 죽자 그의 아내 샤자즈 알두르가 통치하였다. 그는 아랍 역사상 유일무이한 여성 통치자로, 당시 맘루크 총사령관 아이박과 재혼하여 이집트 일대를 함께 통치하여 맘루크 왕조 시기를 시작하였다.

5대 술탄 바이바르스는 실질적인 맘루크 국가를 건설하였다. 그는 압바스 왕조의 마지막 칼리파의 친척을 카이로에서 보호하며 칼리파로 추대하였다. 이로 인해 "카이로의 압바스 왕조" 시대가 시작되어 1517년 맘루크 왕조가 멸망할 때까지 함께 명맥을 이어갔다. 이로써 "허수아비 칼리파조" 시대가 시작되었다. 맘루크는 노예였고 노예를 해방시켜주는 권리는 칼리파에게만 부여되어 있었다. 그래서 칼리파는 술탄 권력의 정당성을 인정하는 자로 전락하였다.

맘루크 왕조 전기에는 바흐리계 맘루크가 통치(1250년-1390년)하였는데, 이들은 투르크 및 몽골족 출신의 맘루크들이다. 맘루크 왕조 후기에는 부르지계 맘루크가 통치(1382년-1517년)하였는데, 이들은 카프카스 지방 출신의 맘루크들이다.

바흐리계 맘루크는 세습을 인정했으나, 부르지계 맘루크는 세습을 인정하지 않고 선출 방식을 인정했다.

맘루크 왕조가 쇠망한 이유로는 크게 세 가지를 꼽을 수 있는데, 지나친 사치, 흑사병, 지리적 이점의 상실 등이 있다.

맘루크 왕조 말기, 무능한 군주들이 즉위해 사치에 빠져들게 된다. 이로 인해 맘루크 왕조는 국민들에게 지나치게 무거운 세금을 물리고 토지를 강제로 빼앗아, 민심 이반을 불러오고 만다.

한편 치명적인 흑사병이 맘루크 왕조를 덮쳤는데, 맘루크 왕조의 수도 카이로에서만 하루에 1만 명 이상이 목숨을 잃었으며 원래 이집트 출신이 아니었던 맘루크들은 토착 이집트인보다 병에 대한 저항력이 떨어졌다.

맘루크 왕조가 번영할 수 있었던 이유 가운데 하나는, 지리적 이점에 있었다. 홍해를 남하해 아라비아 반도를 우회하면, 인도와 교역할 수 있었기 때문이다. 하지만 1498년에 포르투갈의 바스코 다 가마가 인도의 캘리컷에 상륙한 것을 시작으로, 맘루크 왕조가 누려 온 지리적 이점은 사라지고 만다.

결국 맘루크 왕조는 1517년에 오스만 투르크의 술탄 셀림 1세의 공격을 받아 멸망한다.