각 층의 연면적이 4,075m² 규모로 1층은 다목적실과 사무실, 2층은 전시실, 3층은 다목적 영상실이다. 전시실은 중앙홀과 5개 구역으로 나누었다.
중앙홀에서는 폐쇄회로 텔레비전을 통해 낙동강하구의 철새들을 실시간으로 관찰 할 수 있고, 5개 구역은 낙동강하구의 역사와 습지, 이야기, 생물, 조류, 과거 현재 미래, 체험학습공간으로 이루어져 있다. 조류박제 55종 85개체가 전시되어 조류 학습 체험하기엔 더 없이 좋다.
에코센터의 주요업무는 을숙도 철새공원 보존을 위한 관리, 낙동강 하구 자연 생태에 대한 조사, 안내, 교육, 전시 국내외 습지 및 철새 네트워크 구축 및 교류, 야생동물치료 및 재활보호(야생동물 치료센터 운영)조사 연구 등의 업무를 소화해내고 있다.
