미생물에 대해 연구하는 학문의 한 분야. 미생물에 대한 모든 사실을 과학적으로 연구하고 그 연구 결과를 정리, 학설을 유추해 내려는 학문이다.

미생물학의 역사적인 발전 과정은 먼저 의학이나 농학 등 인간의 생활과 밀접한 관계를 갖는 분야의 연구로부터 출발하여 다음에 기초 분야의 연구로 옮겨지고 응용 영역으로 되돌아오는 경로를 거쳤다.

인간은 아주 옛날부터 부패·발효· 전염병 등 미생물 때문에 발생하는 여러 가지 현상을 보아왔지만 미생물의 실체를 보기 시작한 것은 16세기 말에 복합 현미경 이 발명되어 레벤후크가 17세기에 세균을 발견한 뒤였다.

미생물학은 19세기 후반기에 파스퇴르에 의하여 기초가 형성되었고 20세기에 들어와서 급속하게 발달하였다. 미생물학 은 넓은 의미로는 바이러스학· 세균학·균류학·원생동물학 등의 광범위한 학문 분야를 포함하고 있으며, 그 각각에 다시 분류학·형태학· 세포학· 생태학· 유전학 및 생리학 · 생화학의 분야가 포함된다.

특히 미생물학은 기초 미생물학 ·응용 미생물학 등으로 구분하기도 한다. 응용 미생물학 은 인간의 생활에 필요한 미생물을 대상으로 하며 이 가운데는 인수 감염 미생물학, 세균성 식중독의 과학을 중심으로 한 위생 미생물학, 전염병학 등이 있으며 모두 인간과 밀접한 관계가 있다. 식물 병원 미생물학은 농작물· 과수나 수목 의 병리학을 중심으로 한 과학이다.

현재 미생물학은 분자 생물학과 함께 생명 현상을 밝히는 기초 학문으로서 중요한 위치를 차지하고 있으며, 유전 공학·제약· 에너지· 환경 분야의 문제 해결에도 중요한 역할을 하고 있다.

우리 나라에서도 오래 전부터 미생물을 이용한 지식이 축적되어 왔다. 각종 전염병에 접해 왔고 발효 현상을 이용하여 김치· 간장· 된장·술 등의 식품을 만들었다.

《동의보감》에는 마진(홍역)· 파상풍·단독· 적리·온역(장티푸스)· 두창(천연두) 등의 원인·증세·치료법이 실려 있다. 그 때에는 병원체의 발견이 없었으므로 정확한 원인은 알 수 없었다.