1885년 고종 12년 미국의 북감리교 선교사인 H.G. 아펜젤러가 서울에 세운 근대적 사립 학교. '크고자 하거든, 남을 섬겨라'를 학당훈으로 삼고, 우리 나라 최초의 근대적 중등 교육 기관으로서 출발하였으며, 오늘날의 배재 중학교·배재 고등 학교의 전신이다.

1885년 우리 나라에 온 아펜젤러가 서울에 살던 W.B. 스크랜턴의 집을 구입해서 방 두 칸을 틔워 교실을 만들었는데, 처음에는 학생 2명을 가르치는 것으로 시작하였다. 1886년 6월에 고종이 '배재 학당'이라는 이름을 지어 간판을 써 주었고, 그 해 10월 학생 수는 20명으로 늘었다.

초기에는 중등 과정의 특별과(보통과) 및 대학 과정의 본과를 두고 가르쳤다. 1887년 우리 나라에서는 처음으로 벽돌식으로 학교 건물을 짓고, 학과목 수를 늘리면서 교사 수도 보충하였다. 이처럼 배재 학당은 우리 나라 최초의 근대적 중등 교육 기관으로, 크리스트교 정신과 개화 사상을 바탕으로 한 근대 교육의 선구자적 기능을 담당하였다.

아펜젤러도 '통역관을 양성하거나 학교의 일꾼을 만들려는 것이 아니라, 자유를 교육받은 사람을 양성하는 것'이라고 설립 목적을 밝혔다.

따라서 학과목도 만국 지리·사민필지· 위생· 창가·도화· 체조 등의 일반 학과 외에 연설회· 토론회와 같은 사상 발표 훈련을 과외 활동으로 하였으며, 체육 활동으로는 야구· 축구· 테니스 등을 실시하였다.

수업 연한도 보통과는 4년, 본과는 5년으로 정하였다. 입학 자격은 17세 이상의 남자로서 《동몽선습》을 읽고 한글을 이해할 수 있는 학생에 한하여 주어졌다.

배재 학당은 1909년 4월 배재 고등 학당 으로 인가받고, 1916년 5년제 배재 고등 보통 학교를 설립하여 병설 운영하였다. 1925년 배재 고등 학당을 폐교하고, 1937년 6년제 배재 중학교로 개편되었다가, 1951년 3년제 배재 중학교와 배재 고등 학교로 분리되어 개편되었다.