1887년(고종 24) 9월 27일 서울 정동에서 시작된 한국 최초의 장로 교회.

H. 언더우드 선교사가 우리 나라에 온 지 2년 후, 그가 살던 집 사랑방에서 14명의 신자가 모여 장로교 정동 교회를 설립하였다. 민족 교회의 성격이 강하였고 이 곳에서 경신 학교가 고아 학교의 형식으로 출발하였다. 신자 수가 예상보다 빨리 늘어나 1888년 말에 50명에 이르렀다.

1895년에는 교회당 신축을 추진하여 현재의 피어선 빌딩 자리에 100여 명을 수용할 수 있는 예배당을 세웠다.

1904년 10월 손순명이 장로로 선출되면서 우리 나라 교회 최초의 당회가 구성되었다. 신자가 더욱더 늘어나 1907년 말에는 200여 명이 되었다. 그리하여 현재의 신문로 자리에 교회당 증축을 시작하여 1910년 5월에 건물을 준공하였는데, 이 때 초대 목사는 언더우드, 초대 협동 목사는 서경조였다.

1916년 언더우드 목사의 사망으로 E.W. 쿤스가 뒤를 이어 2대 목사가 되고, 1920년 12월 차재명이 3대 목사로 부임하였는데, 우리 나라 최초의 당회장 목사가 되었다.

그 후 김영주·최화정·강태국· 강신명·김동익 목사 등이 당회장으로 시무하였다.

일제가 강제로 점령하였던 시기에는 신사 참배 문제 등으로 차재명 목사가 강제 사임당하고 그 뒤 5대 당회장인 김영주 목사 는 6·25 전쟁 때 납북되는 등 여러 가지 어려움을 겪었지만 새문안 교회는 꾸준히 발전하여 우리 나라 장로교의 모교회로서 전통을 이어가고 있다.