1608년 광해군(光海君)이 즉위하자, 대북은 영창대군(永昌大君)을 옹립하여 역모하였다는 이유로 소북의 영수(領首) 류영경(柳永慶)을 죽이고 소북 인사들을 축출하였다. 그리고 대북은 또 계속 왕권에 위협이 되는 영창대군과 그 측근들을 제거하고자 하였는데, 때마침 그 계획을 이룰 수 있게 된 사건이 계축옥사(癸丑獄事)이다.

1613년 박응서(朴應犀)·서양갑(徐羊甲)·심우영(沈友英) 등이 조령(鳥嶺)에서 은(銀) 상인을 죽이고 은 수백 냥을 강탈한 사건이 일어났다. 그 범인 일당은 모두 서얼(庶孼) 출신들로, 자신들을 강변칠우(江邊七友)라 일컫는 무리였다. 그들은 적서 차별을 폐지해 달라는 자신들의 상소가 거부당하자 불만을 품고 전국을 돌아다니며 화적질 등 악행을 일삼던 중 그런 사건을 일으킨 것이었다.

대북은 그들에게 '영창대군을 옹립하여 역모를 일으키려고 했다'는 허위자백을 시켰고, 결국 그들로부터 '인목왕후(仁穆王后)의 아버지 김제남(金悌男)이 자신들의 우두머리이고 인목왕후도 역모에 가담했다'는 자백을 받아냈다.

또한 사건을 취조하는 동안 김제남과 인목왕후 부녀가 의인왕후(懿仁王后)의 무덤에 무당을 보내 저주했다는 사실도 밝혀졌다. 이로 인해 김제남은 사사(賜死)되었고 그의 세 아들 역시 처형당했으며, 영창대군은 폐서인되어 강화도에 유배되었다. 뿐만 아니라 신흠(申欽)·이항복(李恒福)·이덕형(李德馨)을 비롯한 서인과 남인 세력이 대부분 몰락하고 대북이 정권을 장악하게 되었다.

이 사건이 계축년(癸丑年, 1613년)에 일어났으므로 계축옥사라고 한다.