미생물을 완전히 제거(멸균)할 목적으로 일정 시간 간격을 두고 가열·냉각을 반복하는 살균법이다.

고온 살균법은 살균을 하기 위해서는 대개 고압 증기를 이용하여 120℃의 고온에서 20분간 가열한다(고온 살균법). 그러나, 백신과 같은 생물학 제제나, 혈청 · 탄수화물과 같이 고온에서 응고되거나 변질되기 쉬운 성분이 섞여 있는 경우에는 성분을 보호할 수 있는 간헐 살균법이 좋다.

살균 과정에서 온도를 높이면 영양 세포 (활동 중인 세포)는 일정한 온도에 이르러 모두 죽지만, 포자(잠자고 있는 세포)는 죽지 않고 그대로 남아 있는 것이 많다.

이렇게 죽지 않은 포자까지도 모두 죽이기 위해서, 포자가 깨어나서(발아) 열에 약한 영양 세포가 될 때까지 상온에서 24시간 이상 방치해 두었다가, 다시 가열하여 살균하는 것이 이 살균법의 원리이다.

보통 80~100℃의 물 속이나 유통 수증기(流通水蒸氣) 속에서 1회에 30~60분씩 가열한 후 공기 중에서 24시간 이상 방치하고, 이것을 적어도 3회 이상 반복한다.

즉, 첫 번째 가열할 때 대부분의 영양 세포가 죽지만, 죽지 않고 남은 포자가 다시 발아하기 상온(20℃ 이상의 온도)에서 24시간을 유지하여 포자가 발아하기를 기다려 다시 가열한다는 뜻이다.

그러나 혐기성균은 상온에서 24시간 방치해도 포자가 영양 세포로 발아하지 않고 그대로 남게 되므로 이 살균법을 이용할 수 없다.

또, 우유를 살균할 때 쓰는 저온 간헐 살균법이 있는데, 이것은 60~80℃의 물 속에서 24시간 간격으로 1회에 30~60분씩 4회 이상 반복하여 가열하는 방법이다.

이러한 간헐 살균법 은 고압 증기를 이용한 고온 살균법에 비하여 살균이 완전하지는 않지만, 대부분의 균은 없앨 수 있는 장점을 가지고 있다.

이 방법은 일부 의약품의 살균에도 이용되고 있다.

100℃ 이상 가열하면 파괴되는 당류(물에 녹으며, 단맛이 있는 탄수화물)가 들어 있는 배양기를 멸균할 때에는 당류를 보호하기 위하여 100℃에서 15분씩 3회 가열하는 방법을 사용한다.