후생동물의 발생에 있어서 낭배 때에 배 안으로 이동하여 가장 안쪽에 위치하는 배엽. 소화관의 주요 부분을 형성한다. 척추동물에서는 간, 이자, 흉선, 갑상선 따위의 부속선으로 분화한다. 내배엽 세포는 다른 배엽의 세포에 비해 난황을 많이 함유한다. 양서류에서의 내배엽 기관은 다른 두 배엽에 비해 현저히 늦게 분화하며, 상당 부분이 중배엽의 영향을 받는다.