산소가 없는 환경에서 자라는 세균. 호기성 세균에 상대되는 말이다. 편성(偏性) 및 통성(通性)의 두 혐기성 세균이 있다.
에너지를 얻는 방법은 발효나 광합성에 의하는데, 이 밖에도 황산염과 같은 무기 산화물 을 말단 전자 수용체로서 이용하는 것도 있다.
토양 중에서 호기성 세균과 공존할 때, 공기가 침투하는 곳에서도 혐기성 세균을 볼 수 있다.
산소의 존재하에서 뚜렷하게 잘 자라는 것부터 무산소 조건하에서 뚜렷하게 잘 자라는 것까지 다양하다.