당시 내각의 각료들은 독립 협회가 수많은 민중의 열렬한 호응을 받는 전 국민의 대표 기관으로 인정받고, 정부에 대해 강력한 압력 단체로 떠오르자 이를 타도하려고 전국의 보부상을 동원하여 테러를 감행하도록 지령을 내리는 등 음모를 꾀하고 있었다. 이들은 독립 협회 를 견제하기 위해 보부상들을 중심으로 어용 폭력 단체 인 황국 협회를 조직하였다. 그리고, 그 해 11월 황국협회장 이기동을 비롯하여 조병식·유기환 등이 모의하여 독립 협회를 모함하는 상소를 황제에게 올렸다.
이 상소는 "
독립 협회가 왕정을 무너뜨리고
박정양을 대통령,
윤치호를 부통령으로 하는 공화제 국가를 만들려고 하고 있다."는 거짓 내용으로 상소를 올렸다.
이에 고종은 경무사 김정근에게 명령하여
이상재를 비롯한 간부 17명을 검거한 후 독립 협회 등 각 민간 단체를 해산하도록 지시하였는데, 이 때
윤치호·
최정덕·
안영수 등은 가까스로 몸을 피하여 검거 를 면하였다.
이에 대해
양홍묵·
이승만 등 많은 회원과 배재 학당의 학도들은 경무청 앞에서 그들의 석방을 강력히 요구하였고, 《독립 신문》 《제국 신문》 《황성 신문》 등도 일제히 이를 정당하지 않은 일 처리라며 공격하였다.
이 때
황국 협회에서는 외무 대신
민종묵이 미국·영국 공사들에게 통고한 후 무력으로
만민 공동회를 탄압하려 하였으나 반대에 부딪쳐 단행할 수 없었고, 이에 흥분한 군중은 여러 차례에 걸친 해산 명령에도 불구하고 더욱 기세를 올렸다. 결국 정부에서는 수습책으로 경무사 김정근을 파면하고, 법부협판 겸 고등 재판소장에 중추원 의장 한규설을 새로 임명하였다. 그 결과 독립 협회 간부들은 무사히 석방되었고,
황국 협회를 뒤에서 조종한
조병식·
민종묵·
유기환 등은 파면되었다.
독립 협회 측은 상소문을 올려
조병식 일파의 모략과 조작으로 이루어진 이 사건의 내용을 밝힐 것을 요구하였다. 이에 고종은 내각을 개편하고 11월 15일 독립 협회를 다시 결성할 것을 허락하는 동시에 그들의 요구를 모두 들어 줄 것을 약속하고, 조병식 일파를 체포하라는 명령을 내림으로써 사건은 종결되었다.
