유전자는 염색체 위에 선처럼 가늘게 늘어선 모양인 선상으로 배열되어 있으며, 유전자가 놓인 위치에 따라 교차가 일어나는 횟수를 결정한다는 이론. 개체의 형질은 염색체에 쌍을 이루어 존재하는 유전자에 의하여 결정된다.

유전자는 염색체 위에 일정한 순서에 따라 선상으로 배열되어 있고, 두 개의 유전자가 같은 염색체 위에 있을 때는 행동을 함께 하여 연관성을 나타낸다. 하나의 염색체 위에 있는 유전자는 하나의 연관군을 형성한다. 그러나 서로 다른 연관군에 있는 유전자는 멘델 법칙에 따라 각 유전자가 독립된 인자로 존재한다. 대립하는 연관군 사이에는 교차가 일어나는데, 그 횟수는 각 연관군에서 유전자가 놓여 있는 위치에 따라 다르며, 이 학설은 현재까지 유전학의 중요한 기초가 되고 있다.

1926년 미국의 T.H. 모건이 초파리를 이용하여 유전학적 연구를 해 유전자와 염색체의 관계를 밝히면서 발표한 학설이며, 모건은 이 연구로 1933년 노벨 생리학상·의학상을 수상하였다.