구마모토 평야의 중앙에 위치하며 동쪽은 아소산 기슭으로 연속되는 광활한 홍적 대지에서 서쪽은 아리아케해에 면하고 있다. 이러한 지리적 특성으로 대륙성 기후를 띠어 여름과 겨울의 기온의 차가 심하다.
시의 기원은 5세기이나, 17세기 초
가토 기요마사(加藤淸正)가
구마모토성을 쌓은 이래 오랜 세월 동안 성읍으로서 번영하였다.
시가지의 면적은 현의 2.3%에 불과하나 여러 사업소의 33.2%가 집중되어 있다. 상업· 서비스업 등의 제3차 산업 인구 가 전체의 약 70%를 차지하는 소비 도시이다. 또 공업도 소비재 관계의 식품· 목재·목제품· 출판· 인쇄 등이 중심이나, 최근 교통이 편리해지자 국도 연변이나 교외에 전기· 농기구· 방적 등의 공장이 진출하고 있다.
17세기에 세워진 유명한 구마모토성을 비롯하여 스이젠지〔水前寺〕 공원·다이쇼사〔泰勝寺〕 등과 그 밖의 문화 시설도 많으며, 아소·아마쿠사 국민 관광 공원으로 통하는 교통 중계지여서 연간 관광객이 수만 명에 이른다.