일본 규슈 지방 서쪽 끝에 있는 현이다. 고토 열도(五島列島), 쓰시마 섬(対馬), 이키 섬(壱岐島)을 포함한다.

동쪽으로 사가현과 접하고 있으며 나머지 주변은 모두 바다로 둘러싸여 있다. 크고 작은 섬들이 많으며 그 수는 971로 전국 도도부현 가운데 가장 많으며, 도서부의 면적이 전 면적의 40% 가량이 된다. 해안선의 길이는 4,137km로 47개 도도부현 중 1위이다. 2위인 홋카이도는 2,978km로 나가사키 현과 큰 차이가 난다.

면적이 홋카이도의 20분의 1에 불과한 나가사키의 해안선이 이렇게 긴 이유는 크고 작은 섬들이 상당히 많은 것과 리아스식 해안으로 인해 해안선이 복잡하게 구성되고 있기 때문이다. 이런 지형적 특징으로 인해 나가사키에는 83개에 이르는 항만이 소재한다. 나가사키 현 내의 모든 지역은 해안선으로부터 15km 이내에 위치하고 있다.